Pour le Cusain, la connaissance consiste en une assimilation. On sait que l’assimilation est un terme utilisé pour la digestion des aliments　consistant à les rendre semblables à notre corps, afin de le nourrir. Cette idée digestive sert de métaphore pour décrire le processus de l’apprentissage　: l’enfant, pour avancer dans le savoir doit assimiler les connaissances que lui enseigne son maître, c’est-à-dire les faire siennes.

Toutefois, il faut prendre garde au sens du mot assimilatio à chaque usage qu’en fait le Cusain. Par exemple, dans le dialogue De genesi (1447), il donne le cas du maître qui assimile sa parole à son concept pour l’enseigner à son élève (et non le cas de l’élève qui assimile les paroles de son maître)　: «　Celui qui enseigne, en effet, pour appeler à s’identifier à son enseignement le disciple non instruit, fait sortir du silence une parole semblable à son concept et du silence surgit une similitude du concept du maître.　» Pour bien enseigner, le maître doit assimiler ses paroles à son concept. Ainsi, l’assimilation ne va pas seulement de la connaissance vers le sujet, mais aussi du sujet vers la connaissance. La connaissance opère une transformation interne du sujet.

Comment, alors, des idées peuvent-elles transformer l’individu　? Formulée ainsi, la question est trompeuse　; en réalité, c’est l’individu qui, en assimilant, transforme sa propre pensée. La transformation ne s’opère pas par une pénétration des formes en lui, mais par une ascension dialectique des sens à la raison, puis à l’intellect. Par la voie de l’assimilation, c’est la pensée qui se transforme elle-même.

L'assimilation consiste donc dans ce mouvement de retour de la pensée humaine vers la pensée divine. Il s’agit d’une sorte de contemplation, à la fois de la pensée divine et de sa propre pensée. Cette puissance d’assimilation nous a été donnée par Dieu. La pensée divine crée en concevant ; la pensée humaine est faite pour voir les notions qu'elle conçoit. Le rapport entre la pensée divine et la pensée humaine repose sur le principe de la proportionnalité : ce qu'est la proportion entre les œuvres de Dieu et Dieu, la proportion entre les œuvres de notre pensée et cette pensée même l'est aussi. L'assimilation est à la création, dans le domaine de la connaissance, ce que la conversion est à la procession, dans le domaine de l'être. Toute connaissance se fait par similitude, c'est-à-dire par découverte de l'égalité.

La démarche de connaissance est une recherche des principes divins immanents aux choses. Les mathématiques peuvent être décrites comme une assimilation des plus certaines puisque la pensée s'y assimile à des formes abstraites dégagées de la matière. L'assimilation est une forme de participation à la vérité. Cependant, elle ne saurait être parfaite car, à la différence de la pensée divine qui est éternelle, notre pensée est plongée dans le temps. Elle s'en approchera au plus près comme une image peut s'approcher de son modèle, mais elle ne pourra jamais coïncider parfaitement avec la pensée divine.

　
De genesi, §§. 149, 150, 162, 165, 178, 183